După cum se constată din „Istoria Sfintei Mănăstiri Râşca", scrisă de Arhiereul Narcis Creţulescu, această biserică a fost reînnoită de către Doamna Maria, soţia domnitorului Ştefan cel Mare, odată cu biserica mănăstirii „Sfântul Nicolae" din Botoşani. De aici se subînţelege că această biserică ar fi mai veche de anul 1496, data când s-a zidit biserica mănăstirii „Sf. Nicolae" din Popăuţi.
Tot în scrierea mai sus - amintită găsim următorul text: „Lângă oraşul Botoşani spre sud-vest este un sat numit Monastirea Doamnei, pentru că aicea din vechime a fost Monastire de călugări, fiind în apanagiul Doamnei. Acest sat este foarte vechiu în ocolul târgului".
În jurul anului 1552, Doamna Elena lui Petru Rareş, i-a dat hramul „Învierea Domnului" zisă Voscrisenia.
Această biserică domnească, mănăstire de călugări, a fost închinată Sfântului Munte Athos şi anume mănăstirii Rusicon cu hramul „Sfântul Pantelimon".
După închinare călugării de la mănăstirea Rusicon, venind în Moldova, au schimbat hramul cel vechi al bisericii, şi de atunci până în prezent această biserică îşi serbează hramul „Sfântul Pantelimon"
Din cele arătate până aici se stabileşte dar, că ctitorii acestei biserici au fost Doamna Maria, soţia voievodului Ştefan cel Mare, şi Elena, soţia lui Petru Rareş, după care a urmat trecerea ei la Muntele Athos.
Prima biserică era construită din lemn pe temelie de piatră şi a fost dărâmată în anul 1902, când a început ridicarea unei noi biserici din piatră şi cărămidă cu ajutorul credincioşilor satului.
Înainte de secularizarea averilor mănăstireşti, Mănăstirea Doamnei a avut moşiile Mănăstirea Doamnei şi Agafton.
Preoţii care au slujit în această biserică au fost: Constantin Cazacu, Constantin Petruţeanu, Iordache Vasiliu, Ioan Rădăşanu, Trifan Postelnicescu, Gheorghe Constantinescu.
Actualul paroh este Pr. Fredolin Drobotă.